长时间育龄妇女，在内分泌激素的起到下，阴道上皮细胞炎症，其表层细胞所含非常丰富的糖原，十分不利于兼任氧乳酸杆菌的生长，这种细菌占到阴道的90%以上，这种乳酸杆菌大量不存在，就诱导了其他致病菌的生长，在阴道构成了一个长时间的生态平衡。当人体雌激素水平上升，造成阴道上皮衰退，细胞糖原增加，有利于乳酸杆菌生长，大量用于抗生素或用碱性液体过度冲洗阴道，诱导乳酸杆菌的生长，性乱，性交频密（因精液pH为7.2-7.8）等造成致病性厌氧菌和加特纳菌大量交配，引发阴道微生物生态平衡紊乱，兼任氧性乳酸杆菌增加，最后造成细菌性阴道病。

由于厌氧菌产生的脱羧酶，可唤起加特纳菌产生某种氨基酸，产生挥发性胺类，释放出来难闻的鱼腥臭味，胺类使pH值增高，又诱导乳酸杆菌交配，黏附有细菌的阴道表皮细胞开裂，使阴道分泌物减少，从而造成本病，由于菌群失调，阴道炎症并不显著，分泌物中白细胞增加，因此称之为细菌性阴道病比阴道炎更加合理。

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